Berdirinya Yayasan Pemberdayaan Masyarakat Papua (YPMP), yang berlokasi di Jalan Gurabesi HBM Atas, Remu Utara dengan Ketuanya Bapak Drs. Hendrik Sagrim, M.Si., ditahun 2002, telah melahirkan pemikiran untuk mengembangkan sebuah sekolah yang bisa menghasilkan tenaga kesehatan dan tenaga keperawatan yang unggul di Tanah Papua.
Bermula dari kekhawatiran beberapa Putra terbaik yang dimiliki Tanah Papua tentang kondisi kesehatan masyarakat di Tanah Papua pada umumnya yang masih jauh dari memuaskan, serta melihat kondisi kurangnya tenaga kesehatan dan keperawatan yang mau ditempatkan di daerah-daerah terpencil, maka tertuang ide sebagai hasil diskusi untuk membantu Pemerintah mengentaskan masalah kesehatan, dengan menghasilkan tenaga-tenaga unggulan yang mampu mengembangkan dan memajukan kesehatan. Maka lahirlah Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan yang diberi nama Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Papua.
Dipilihnya Kota Sorong sebagai pusat kegiatan pendidikan merupakan hasil dari beberapa pertimbangan, salah satunya adalah bahwa letak geografis Kota Sorong yang cukup strategis karena merupakan wilayah yang peling mudah dijangkau khususnya untuk kepulauan Papua, serta merupakan pintu gerbang perekonomian di Wilayah Timur Indonesia.
STIKES Papua Sorong sebagai sekolah tinggi ilmu kesehatan pertama di Tanah Papua yang menghasilkan Sarjana Strata Satu memiliki 2 (dua) Program Studi, yaitu Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat dan Program Studi Keperawatan memiliki ijin operasional resmi sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI, Nomor 155/D/O/2004 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Papua di Sorong yang diselenggarakan oleh Yayasan Pemberdayaan Masyarakat Papua (YPMP).
Bapak Yan Asyerem, S.Kp., M.Kes. adalah Ketua STIKES pertama yang dipercaya untuk memimpin STIKES Papua Sorong. Diawal perjalanannya, STIKES Papua Sorong sempat menempati SD Inpres 49, yang berlokasi di Jalan Baru, dengan status sewa. Setelah lebih kurang satu tahun, seluruh kegiatan dipindahkan ke SMA Negeri 1 Kota Sorong, dengan status juga masih menyewa tempat. Setelah hampir 2 (dua) tahun kegiatan berjalan, dengan berbagai pertimbangan, maka sejak bulan Agustus 2007, STIKES Papua Sorong kembali memindahkan lokasi tempat beraktivitas di SMA Negeri 2 Sorong. Pada tahun 2007 kepemimpinan Bapak Yan Asyerem, S.Kp., M.Kes. digantikan oleh Bapak Marthen Sagrim, SKM, M.Kes., yang semula menjabat sebagai Ketua Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat. Maka sejak tahun 2007 hingga saat ini, Ketua STIKES Papua Sorong adalah Bapak Marthen Sagrim, SKM, M.Kes.
Kepastian sivitas akademik STIKES Papua Sorong untuk dapat memiliki lokasi sendiri baru terjawab di tahun 2010. Lokasi kampus STIKES Papua Sorong di jalan Kanal Victori KM 10 merupakan jawaban Tuhan atas keinginan yang begitu lama dan panjang dari seluruh sivitas. Pada tanggal 30 Januari 2010, peletakan batu dilaksanakan. Pada acara peletakan batu pertama tersebut, selain dihadiri oleh sivitas akademik STIKES Papua Sorong, perwakilan masyarakat, stakeholder, serta Muspida Plus, pada kesempatan tersebut, merupakan suatu kehormatan serta kebanggaan bagi STIKES Papua Sorong karena Bapak Walikota Sorong, Drs. J. A. Yumame, M.Si. serta Ibu Wakil Walikota, Ibu Baesarah Wael, S.Sos., juga berkenan hadir dan menyaksikan peletakan batu pertama.
Dalam rentang waktu pembangunan tahap awal, yang berkisar ± 15 bulan, kampus STIKES Papua Sorong telah dapat digunakan. Meski belum selesai 100%, dengan fasilitas seadanya, Ketua STIKES Papua Sorong meminta untuk seluruh kegiatan sivitas mulai dilaksanakan di kampus baru pada tanggal 21 Maret 2011. Secara resmi, seluruh kegiatan sivitas mulai semester genap tahun akademik 2010/2011 telah dilaksanakan di kampu baru STIKES Papua Sorong, Jalan Kanal Victori KM 10.
